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Zotero

  • 無料かつ拡張性バツグンの文献管理ツール（reference manager）
    • 急に今使っているマシンが壊れても設定次第で簡単に代替機復旧可能
    • Mendeleyの時代は終了じゃ．
  • リアルタイムで google ドキュメントや MS Word の引用文献の書式を調整できる
  • 文献ごとにPDF，メモ，画像その他諸々を紐付けて管理する
    • それらの保存場所はローカルになるが，その場所をクラウドにすることもできる（DropboxやiCloud）
    • これにより，文献PDFにはタブレットからアクセスして読むなど可能
    • annotationを抽出 ⇒ markdownメモ抽出 ⇒ そのままdokuwikiにぶち込んでそのURLをzoteroに紐付けする管理も？

目次

Zoteroに文献登録

  • Google Chromeのアドイン（zotero connecter）を入れればブラウザからガンガンライブラリ登録可
  • あるいは Zotero本アプリでQuickaddボタンを押してDOIをコピペでもよい
  • これらにより，year，author，journal，云々の基本情報が自動でインポートされる．
    • PDFがダウンロード可能であれば自動でダウンロードされる

管理方法

1.subcollections

  • フォルダのように運用するが，それぞれの文献は複数のサブコレクションに所属できる
  • 投稿しようとしているネタがあるとき，そのネタごとに整理するのによいかもしれない
  • つまりプロジェクトごとの分類
  • 書籍も登録できるので，ガイドラインなどもここに入れてしまえば良い

2. tags

  • タグをつけることでも同様に管理可能
  • 横断的に検索ができるので，研究分野ごとやテーマごと，形式（症例報告，コホート，RCT，SR/MR，GLなど）ごとに分類するのがよいかもしれない
  • 絵文字タグを使うのは結構ハック感ある（9つまで color assign すると先頭表示できる）
    • ✅：精読 or ノート作成済（抄読会で扱ったネタなど）
    • 🔥：現在読んでいる，または早く読むべき（ToDo）
    • ❌：PDF原著落とせてない
    • 🏆：今後何度でもこすられるであろう重要論文
    • 🌱：現在執筆中の論文のネタになりそうな論文（引用しそうな論文）
    • 💡：めちゃ勉強になった
    • 🌐：ガイドラインまたは UpToDate 等で引用あり

Zoteroアドイン

Zotfile

  • pdfの管理にはzotfileが有用
    1. PDFファイルの自動 rename が便利
    2. Zotero 6 ではアプリ内で注釈を付け，pdf を Zotero ストレージに保存できるが，zotfile を使って pdf の名前を自動的に一貫した形式 (例: author-date-title) に変え，Zotero ストレージではない指定の添付ファイル格納フォルダに移動することも可能．
      • これにより、すべての注釈をZoteroとは別に保存し、ファイルエクスプローラ（タブレットで使用するPDFリーダーを含む）からアクセスできるようになる．バックアップとしても有用．
      • Zotero のエコシステム内にいることに満足している場合は必要でない
  • 自動renameが便利なのは勿論だが，フォルダ分けも自動でおこなってくれる点も Good
    • 「“Location of files”設定“use subfolder defined by..” で /%c/ とする」ことで，zotero内でのフォルダ分けをそのまま再現することも可能
      • zotero内でサブコレクションを疾患別などにしておけば，これで十分かもしれない
      • ガイドラインなどは疾患別サブコレクションから抜き出して個別に「ガイドライン」サブコレクションを作るのもよい

BetterBibTEX(BBT)

  • Better BibTex(BBT) はcitekey(citation key)を作成するために用いる
  • Betterbibtexは多くの機能を持つが，主にObsidianで原稿を書くときに使える一貫したpandoc citekeys (authordate, 例: Carter2022)を自動的に作成するために使用する
  • ただObsidianで原稿を書いたり引用したりする予定がないのであれば，これは必要ないかもしれない
  • GoogleScholar形式にしておいた方が良い？
    • Google scholar からエクスポートした .bib ファイルと併用する可能性を考えると，表記が混同しないようにしておくほうが無難か1)
[auth:lower][year][shorttitle1_1]
  • 日本語の引用文献形式2)もカバーするなら以下
    • ✅“Apply kuroshiro romajization in Japanese names/titles. Use a lot of memory”
    • ただし以下の設定の場合，日本語文献は4文字抽出になるが，英語文献だと4単語になる（かなり長くなる…）
auth + "-" + year + "-" + title.splitIdeographs.select(1,4).capitalize

MDnotes

  • mdnotes
  • 一括でzotero noteを markdown形式にして出力する
    • ディレクトリ設定ができるので，ObsidianのVault内に展開するのも一手
      • そうすればそのまま Obsidian 内で扱うことができる
    • また，出力した .md ファイルには zotero 内でリンクを自動生成可（zoteroから開ける）
    • これにより Obsidian ↔ Zotero の双方向システムが完成する

Zotero X Obsidian

  • Zotero と Obsidian を組み合わせることで，文献PDFごとのノートを .md 形式で作成することが可能
  • Zotero側のアドインとしては，BetterBibTEX(BBT)，mdnotes を使う

Obsidian側のプラグイン

  • Obsidian側のプラグインとしては以下が選択肢
    1. Citations
      • BibTex または CSL JASON から自動で obsidian 内で扱える文献リストを生成
        • Obsidian内で完結して citationkey を入力できる（Zoteroの立ち上げ不要）
        • そのためスピードが速い
      • この動画がかなり詳しい
    2. Zotero Desktop Connector for Literature Notes
      • Obsidian側で Zoteroを起動して文献メモのmarkdownをテンプレ通りに生成できる．
      • Obsidian側で .md 生成を行うことになるため．Zoteroアプリ側ではこのノートと紐付かないのが欠点1
        • Zotero 側からの紐付けが自動になる点では，MDnotesを応用した方が良いかもしれない
      • また文献情報を入れるまでに打たなければならないキーの数が多く，Zoteroが立ち上がっていることも必須である．そのため 引用情報を入力するスピードは Citationsプラグインの方が圧倒的に速い（欠点2）

課題

  • 基本的に日本語文献の扱いには課題が大きい
  • .cslはそのままインポートできるが，現在.bstにZoteroが対応していない
    • jecon.bst や jecon_jpa.bst といった日本語文献もそれなりの形で引用できる形式が開発されているが，そのままインポートして使うことはできず，Pandocを噛ませたりする必要がある

参考

1)
https://plaza.umin.ac.jp/shoei05/wp/index.php/2020/10/31/206/
2)
https://qiita.com/shiro_takeda/items/dfb857e69aa8ed2cc977